Ustanova Bakovići počinje sa radom kao Radna jedinica (dio jedne veće institucije) 01.03.1972.godine. Smještena je u adaptirane zgrade i prostore nekadašnje dječje bolnice za TBC pluća.

U početku (1972.g.) u njoj na smještaju boravi 40 osoba, 1975.g. taj broj raste na 180 osoba, 1984.g. na 500, a pred rat u BiH na smještaju u tadašnjoj ustanovi boravi oko 650 korisnika.

Smještenim korisnicima  „pruža  njegu, ishranu, zdravstvenu zaštitu, radnu i fizikalnu terapiju“  (Bilten Zavoda 1985.g.) „umjereno i teže psihički zaostalim osobama starijim od 25 godina života, mentalno oštećenim osobama uslijed procesa starenja, osobama koje su bile na liječenju u psihijatrijskim bolnicama, nad kojima je završeno bolničko liječenje a koje po ocjeni stručne komisije nisu opasne po sebe i okolinu.“

Prvi projekt alternativnog oblika življenja (Centar „Budućnost“) ova ustanova pokreće 2005. godini i isti predstavlja evidentniji početak procesa transformacije Ustanove, zamišljen kao prijelazno rješenje između klasične institucije i lokalne zajednice. Ovaj projekt četiri stambene jedinice za podržano stanovanje korisnika uređene po europskim standardima ali smještene u dvorištu ustanove. U svakoj stambenoj jedinici uz podršku je živjelo po pet osoba a sam Centar je sadržavao i druge prostorije kao što su sala za grupni rad i zajedničke aktivnosti te knjižnicu.

Ovim načinom smještaja i pružanja usluga razvija se svijest korisnika, odnosno razvija se odnos prava da me drugi ljudi poštuju i vrednuju i odgovornost da poštujem druge ljude.
2007. godine Zavod useljava prvu kuću u lokalnoj zajednici gdje pruža usluge stanovanja uz podršku i stručno praćenje za osam stanara.

2008. godine Vlada F BiH preuzima osnivačko pravo nad ustanovom koja je od rata do tada funkcionirala bez formalnog osnivača, dakle isključivo na osnovu entuzijazma i zalaganja djelatnika i menadžmenta.

2012. godine Zavod kupuje i drugu kuću u kojoj pruža usluge stanovanja uz podršku za još osam stanara i tada već počinje ozbiljniji razvoj usluge stanovanja u zajednici za koju danas s ponosom možemo reći da je koristi 63 osobe u 18 stambenih jedinica u vlasništvu ustanove na različitim lokacijama u općini Fojnica i Kiseljak.

Proces transformiranja ustanove, osim kroz razvoj nove usluge, cijelo vrijeme je provođen i kroz uređenja, rekonstrukcije i prilagođavanja prostora prema potrebama korisnika pri čemu smo kontinuirano radili na smanjivanju kapaciteta prostorija a poboljšanju kvaliteta usluge smještaja i brige. S istim ciljem izgrađen je i novi objekt u potpunosti prilagođen nepokretnim i slabije pokretnim korisnicima u kojem danas boravi 17 osoba.

Rasterećenje postojećih smještajnih kapaciteta, podizanje standarda  usluge smještaja i podrške, osnaživanje korisnika i njihova integracija u lokalnu zajednicu kontinuirani su zadatci i opredijeljenost ove Ustanove.